宇宙世紀0079年のサイド6コロニーに住む小学生 アルフレッド・イズルハが主人公。ある日コロニーでジオン軍兵士 バーナード・ワイズマンと出会う。彼は、新型ガンダムを破壊するために中立コロニーに潜入したサイクロプス隊の新米兵士だった。