主人公は小学四年生の アオヤマ君。アオヤマ君の住む街でペンギンの群れが突如現れると言う現象が起こり始めた。ペンギンの正体と行動を調べることにしたアオヤマ君はその調査を「ペンギンハイウェイ」と名付ける。調査にあたり、顔なじみの歯科医院の助手の…